A principios de enero fue publicada la primera secuencia del genoma del SARS-CoV-2 —el virus que causa la COVID-19— bajo el apodo de «Wuhan-1». Esta secuencia de 30,000 letras (A, T, C y G del código genético) marcó el primer día en el recorrido para entender la genética de este coronavirus recién descubierto. Ahora, otros 100,000 genomas de coronavirus muestreados de pacientes con COVID-19 de más de 100 países se han unido al de Wuhan-1. Los genetistas de todo el mundo están extrayendo datos para obtener respuestas. ¿De dónde vino el SARS-CoV-2? ¿Cuándo empezó a infectar a los humanos? ¿Cómo está mutando el virus? ¿Es importante saberlo? La genómica del SARS-CoV-2, al igual que el propio virus, se hizo enorme y se globalizó.
El término mutación tiende a evocar imágenes de nuevos virus peligrosos con capacidades mejoradas que se extienden por todo el planeta. Mientras que las mutaciones surgen constantemente y a veces se dispersan ampliamente —como lo hicieron las primeras mutaciones del SARS-CoV-2 que se abrieron camino en todo el mundo a medida que el virus se propagaba casi sin notarlo—las mutaciones son una parte perfectamente natural de cualquier organismo, incluyendo los virus. La gran mayoría no tiene ningún impacto en la capacidad de un virus para transmitir o causar enfermedades.
Una mutación solo significa una diferencia; un cambio de letra en el genoma. Si bien la población del SARS-CoV-2 era genéticamente esencialmente invariable cuando saltó a su primer huésped humano a finales del 2019, más de 13,000 de estos cambios se encuentran ahora en los 100,000 SARS-CoV-2 secuenciados hasta la fecha. Sin embargo, dos virus de dos pacientes en cualquier parte del mundo difieren en promedio solo en diez letras. Esta es una pequeña fracción del total de 30,000 caracteres del código genético del virus y significa que todos los SARS-CoV-2 en circulación pueden considerarse parte de un único linaje clonal.
Mutando lentamente
El virus tardará algún tiempo en adquirir una diversidad genética sustancial. El SARS-CoV-2 muta con bastante lentitud para un virus, donde cualquiera de sus linajes adquieren un par de cambios cada mes; de dos a seis veces menos que el número de mutaciones adquiridas por los virus de la gripe durante el mismo período.
Lo más común es que las mutaciones hagan que un virus no funcione o no tenga ningún efecto. Más aún, existe la posibilidad de que las mutaciones afecten la transmisibilidad del SARS-CoV-2 en sus nuevos huéspedes humanos. En consecuencia, se han realizado intensos esfuerzos para determinar cuál de las mutaciones identificables desde que se secuenció el primer genoma del SARS-CoV-2 en Wuhan, si es que hay alguna, puede alterar significativamente la función viral.
Una tristemente famosa mutación en este contexto es un cambio de aminoácidos en la proteína Spike del SARS-CoV-2, la proteína que da a los coronavirus sus proyecciones características en forma de corona y le permiten adherirse a las células huéspedes. Se ha demostrado que este cambio de carácter único en el genoma del virus —denominado D614G— aumenta la infectividad del virus en las células cultivadas en el laboratorio, aunque sin un impacto mensurable en la gravedad de la enfermedad. Esta mutación se encuentra ampliamente con otras tres mutaciones, y las cuatro se encuentran ahora en alrededor del 80 por ciento de las secuencias del SARS-CoV-2, lo que lo convierte en el conjunto más frecuente de mutaciones en circulación.
El reto con el D614G, como con otras mutaciones, es descifrar si las mutaciones han aumentado en frecuencia porque resultaron estar presentes en los virus responsables de las tempranas y exitosas siembras del brote, o si realmente confieren una ventaja a sus transmisores. Si bien los trabajos de genómica en un conjunto de datos del Reino Unido sugieren un papel sutil del D614G en el aumento de la tasa de crecimiento de los linajes que lo portan, nuestro propio trabajo no pudo encontrar un impacto medible en la transmisión.
Simplemente se lleva a cabo
El D614G no es la única mutación encontrada en alta frecuencia. Una cadena de tres mutaciones en la cubierta de la proteína del SARS-CoV-2 también están apareciendo cada vez más en los datos de secuenciación y se encuentran ahora en un tercio de los virus. Un solo cambio en la posición 57 de la proteína Orf3a, una conocida región inmunógena, se produce en una cuarta parte. Existen otras mutaciones en la proteína S (proteína Spike) mientras que otras muchas parecen inducidas por la actividad de nuestra propia respuesta inmune. Al mismo tiempo, no existe un consenso sobre si esta, o cualquier otra, cambie significativamente la transmisibilidad o virulencia del virus. La mayoría de las mutaciones son simplemente se llevan a cabo a medida que el SARS-CoV-2 continúa propagándose con éxito.
Pero los reemplazos no son los únicos cambios pequeños que pueden afectar al SARS-CoV-2. Se ha demostrado que las supresiones en los genes accesorios Orf7b/Orf8 del SARS-CoV-2 reducen la virulencia del SARS-CoV-2, lo que puede generar infecciones más leves en los pacientes. Una supresión similar puede haberse comportado de la misma manera tanto en el SARS-CoV-2 como en el coronavirus conexo responsable del brote de SARS en 2002-2004. La progresión hacia un SARS-CoV-2 menos virulento sería una buena noticia, aunque las supresiones en la Orf8 han estado presentes desde los primeros días de la pandemia y no parecen estar aumentando en frecuencia.
Aunque todavía se pueden producir cambios de adaptación, todos los datos disponibles en esta etapa sugieren que nos enfrentamos al mismo virus que desde el comienzo de la pandemia. Chris Whitty, director médico de Inglaterra, tenía razón al verter agua fría sobre la idea de que el virus ha mutado en algo más leve , que causó que el Reino Unido impusiera un bloqueo en marzo. Las posibles disminuciones en la gravedad de los síntomas observadas durante el verano son probablemente el resultado de la infección de personas más jóvenes, de medidas de contención (como el distanciamiento social) y de la mejora del tratamiento, más que por cambios en el propio virus. Sin embargo, aunque el SARS-CoV-2 no ha cambiado significativamente hasta la fecha, continuamos ampliando nuestras herramientas para seguir y rastrear su evolución, listos para mantener el ritmo.
Lucy van Dorp es investigadora principal en genómica microbiana en el University College London en Inglaterra. Este artículo fue publicado por primera vez por The Conversation.
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